La certezza del cogito appare a Cartesio come la verità più stabile e sicura, che non potrebbe vacillare neppure sotto colpi delle più stravaganti supposizioni degli scettici. Da dove deriva questa certezza? In altri termini, perché la proposizione "Io penso,dunque io sono" deve considerarsi assolutamente vera? La risposta di Cartesio è che la verità del cogito dipende dal fatto che io la intuisco come assolutamente chiara e distinta.
Il soggetto, è certo delle proprie idee, che sono l'oggetto immediato del pensiero stesso, vale a dire le rappresentazioni che il soggetto ha nell'atto del pensare. A differenza di quelle platoniche, che avevano una realtà autonoma e indipendente dal soggetto nell'iperuranio, le idee per Cartesio ineriscono alla mente.
Il filosofo distingue tre categorie:
- le idee avventizie, che ci provengono dall'esterno
- le idee fattizie, costruite da noi stessi
- le idee innate, che non possono derivare dall'esterno o da una mia creazione, ma che sembrano "nate con me"
Se il soggetto, come soggetto pensante, può essere sicuro dell'esistenza delle idee in quanto oggetti del pensiero, non può essere certo della realtà delle cose che in queste idee rappresentano, perché potrebbe essere ingannato dal genio maligno che gli fa credere esistenti cose create dalla sua immaginazione.
L'unico modo per scoprire se alle idee che possediamo nella mente corrisponde effettivamente una realtà esterna è interrogarsi sulle loro cause. Il principio che guida il ragionamento del filosofo è che la causa di un'idea non può contenere minore perfezione e realtà dell'idea che produce; in altre parole, ogni idea deve necessariamente avere una causa che sia a essa proporzionata.